記者在南水北調中線源區采訪中深深感受到，要想建立起水質保護的長效機制，必須要解決地區經濟社會發展與水質保護之間的突出矛盾。這是目前一個非常現實的問題。
記者了解到，從2008年起，中央財政率先將水源區43個縣（市、區）全部納入國家重點生態功能區轉移支付范圍，享受中央財政轉移支付政策。2012年還將污水、垃圾處理設施運行費用作為特殊支出納入補償范圍，進一步加大生態轉移支付力度。目前，中央財政已累計下達轉移支付資金147億多元。
此外，2012年，國務院還批復了《丹江口庫區及上游地區經濟社會發展規劃》，從戰略高度明確了未來一段時期水源區的功能定位和發展目標，增強水源區自我發展能力。
對地方來說，南水北調工程也在很大程度上推動了地方經濟結構的調整。雖然轉型中經歷陣痛，但經濟結構調整一旦走上正軌，不僅能帶來巨大的生態效益，還有惠澤長遠的經濟效益。
雖然各地已經取得了一些經驗和成績，也摸索出不少成功的轉型路徑，但是，記者在采訪中也注意到，各地方尤其是縣級以下政府，目前面臨的最大問題仍是資金短缺，尤其是部分國家財政預算內的扶持資金遲遲不能到位。地方不少被強制關閉企業的遺留問題、被取締網箱漁民的補償款問題以及后續發展問題，都受制于此。
基于地方實際情況，南水北調辦公室正在爭取有關部門研究建立市場化生態補償機制，如在工程供水水價中安排一定比例的資金用于水質保護等。
此外，對口協作工作正在有序推進。近1年多來，北京市分別與河南、湖北兩省簽訂戰略合作框架協議，安排5000萬元支持河南省淅川縣金銀花種植基地建設；北京市還制訂了《南水北調對口協作規劃》，確定北京市16個區（縣）與河南、湖北兩省16個縣（市、區）建立“一對一”結對關系，每年安排5億元引導資金用于對口協作重點領域。
從這些點滴進展中可以看到，雖然仍有不少問題存在，但隨著雙贏機制的進一步完善，地區經濟社會發展與水質保護之間的矛盾正逐漸解決。
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